为切实将支持自主创新的政策落实，深圳市推出的系列文件中还包括一个专门针对创新发展空间缺乏这一主要矛盾而制订的关键文件——《深圳市创新型产业用房建设方案》，提出力争在２０１０年底建成５００～６００万平方米的创新型产业用房，基本解决当前创新型企业面临的空间资源约束问题，形成支持创新型产业发展的长效机制。
该方案包括了总体要求、建设方式、建设计划、供应与管理、保障措施等五大部分，涵盖了创新产业用房建设管理的各个方面，旨在为创新型产业的发展提供空间资源保证。其中建设方式主要包括政府直接投资组织建设、企业参与建设两种，政府将根据创新型产业发展需要，一是在近期建设规划年度实施计划和年度土地利用计划中安排一定比例的新增产业用地，专门用于创新型产业用房的建设；二是政府收回收购一批闲置用地及旧厂房，用于创新型产业用房的建设；三是政府整体租用盘活一批工业厂房，按创新型产业用房的建设标准进行改造后，纳入创新型产业用房体系。对于企业参与建设的，政府要给予一定政策扶持，积极引导企业在自有产权的待建土地上按一定比例配套建设创新型产业用房；对于符合条件的旧工业区升级改造项目，在改造后增加的建筑面积中安排一定比例用于创新型产业用房。企业建设的创新型产业用房建成后参照政策性住房的相关规定统一移交给政府出租或出售。
《方案》提出，在５００～６００万平方米的创新型产业用房的建设任务中，通过新建方式提供２５０～３００万平方米，通过收回收购、更新改造（包括拆除重建、综合整治）方式提供２５０～３００万平方米。进度安排为：２００８年完成１０％的创新型产业用房建设任务，２００９年完成４０％，２０１０年完成５０％，基本满足创新型企业在生产、研发、运营及配套用房方面的需求。新建创新型产业用房综合考虑交通便利、配套完善等因素，重点布局在市高新区、光明高新区、观澜高新区、西乡桃花源科技创新园、大工业区及宝龙工业区等片区。利用旧工业区升级改造建设的创新型产业用房，综合考虑区位条件、产权状况、改造条件等因素，重点布局在福田区的彩电工业区、燃机电厂、金地工业区和天安数码城，南山区的永新工业区、马家龙工业区和侨城北工业区，罗湖区的莲塘工业区，盐田区的太平洋工业区，宝安区的福永第一工业区以及龙岗区的黄阁坑工业区、雅宝工业城等片区。
创新型产业用房的供应方式分为出租和出售两种。创新型产业用房通过公开方式销售，原则上限定自用，购买创新型产业用房的企业须经市产业主管部门审核符合产业准入条件。创新型产业用房出租的对象主要是具有一定自主知识产权，符合我市产业发展要求，处于高速成长期内的中小创新型企业。出售的对象主要是具有核心自主知识产权，符合我市产业发展规划的要求，企业已经达到一定规模，具有强烈产权需求的创新型企业。出租实行政府指导价，具体办法由市国土房产部门提出意见报市政府审定后，向社会公布。
